Vatnsvernd á höfuðborgarsvæðinu samanstendur af samþykkt um verndarsvæði vatnsbóla og afmörkun þeirra samkvæmt 25. gr. laga nr. 7/1998 um hollustuhætti og mengunarvarnir, 12. gr. reglugerðar nr.796-1999 um varnir gegn mengun vatns og 9. gr reglugerðar nr.536/2001 um neysluvatn hefur verið auglýst og samþykkt af sveitarsstjórnum og heilbrigðisnefndum á svæðinu.
Um vatnsverndarsvæði höfuðborgarsvæðisins gildir samþykkt nr.555/2015 en markmið samþykktarinnar er að tryggja verndun grunnvatns vatnsverndarsvæða höfuðborgarsvæðisins þannig að gæði neysluvatns á vatnstökustað uppfylli ávallt kröfur sem gerðar eru í gildandi löggjöf. Þannig er stuðlað að hámarkshollustu og gæðum ómeðhöndlaðs neysluvatns á höfuðborgarsvæðinu til framtíðar með því að koma í veg fyrir óæskileg áhrif af völdum athafna, starfsemi og umsvifa á vatnsverndarsvæðum vatnsbóla á svæðinu. Öll sveitarfélögin á höfuðborgarsvæðinu sameinast um samþykktina. Heilbrigðiseftirlitin þrjú á höfuðborgarsvæðinu mynda framkvæmdastjórn sem hefur umsjón með vatnsverndarsvæðinu. Fundargerðir framkvæmdastjórnar um vatnsverndarsvæðið má sjá hér til hægri.
Höfuðborgarsvæðið er á jaðri mikils hrauna- og grágrýtisflæmis. Berggrunnurinn er allur mjög lekur og gleypir í sig nær alla úrkomu. Mestöll úrkoma sem fellur á höfuðborgarsvæðið rennur því með grunnvatnsstraumum til sjávar. Meginvatnsverndarsvæðið teygir sig frá Bláfjöllum í norðvestur að þéttbýlismörkum svæðisins. Í suðvestri nær svæðið að landamörkum við Vatnsleysustrandarhrepp, í suðri að mörkum Grindavíkur en í austurátt að mörkum sveitarfélagsins Ölfuss.
Vatnsverndarsvæðinu er skipt í fjóra flokka eftir þeim kröfum sem gerðar eru til verndunar svæðisins. Brunnsvæði; er í næsta nágrenni vatnstökustaðar, er algjörlega friðað fyrir óviðkomandi umferð, framkvæmdum og starfsemi nema á vegum vatnsveitunnar. Grannsvæði; tekur við af brunnsvæði og stærðin ákvarðast af viðkvæmni svæðisins með tilliti til t.d. lektar og sprungna. Allar framkvæmdir og starfsemi sem geta ógnað öryggi vatnsöflunar eru bönnuð. Fjarsvæði; er aðal ákomusvæði fyrir grunnvatnsstrauma og öll nýting lands þarf að falla að forsendum vatnsverndar. Öryggissvæði; nýting skal vera í samræmi við skipulagsáætlanir og starfsemi sem getur haft í för með sér mengun er óheimil. Sjá nánar samþykkt nr. 555/2015, reglugerð nr. 1999/796 um varnir gegn mengun vatns og kort af vatnsverndarsvæði höfuðborgarsvæðisins.